一、基本陳列展區(qū)位于博物館二層，面積約4000平方米。

　　展覽特點：該展覽的特點是以全國大運河發(fā)展歷程奠定宏大的時空與敘事背景，著力突出北京與大運河的互動關(guān)系、北京在大運河歷史上的龍頭作用，以人、水、城為內(nèi)容主線，從人文地理視角、生態(tài)文明展示北京城市發(fā)展歷史、建設(shè)成就。

　　二、專題展由京城系列、京津冀系列、收藏系列組成。

　　京城系列包括《北運河歷史文化畫卷專題》《“暢游大運河”沉浸式數(shù)字體驗專題》《故宮博物院藏文物系列專題》，京津冀系列將首先推出《京津冀協(xié)同發(fā)展專題》，收藏系列將推出《北京市文物交流中心藏品專題》。

　　三、開放展區(qū)：大運河博物館為觀眾打造了人文、休閑、科技相融合的體驗式開放展示區(qū)。

　　1、人文休閑暨數(shù)字科技體驗區(qū)位于B1層的開闊空間，展示反映北京與大運河主題的藝術(shù)品及數(shù)字科技交互體驗展項，使觀眾一進入場館即感受到強烈的歷史文化氛圍與現(xiàn)代科技的感染力。

　　2、人文休閑展示區(qū)位于1層大堂、2層中廳北側(cè)(正對共享大廳連廊入口)，展示北京與大運河歷史文化題材場景復原。

　　3、當代藝術(shù)休閑展示區(qū)充分利用2、3層休息區(qū)，展示當代名家雕塑與工藝美術(shù)品，渲染藝術(shù)與時尚活力。

　　4、石刻園林展示區(qū)在B1層連廊錯落有致地裸展館藏古代石刻文物，營造傳統(tǒng)園林的氛圍。

　　5、建筑隔震科普展示區(qū)與石刻園林展示區(qū)相鄰，通過東館建筑隔震剖面科普博物館隔震減震知識、傳播文物保護理念。

　　此外，大運河博物館還設(shè)有臨時展覽。臨時展覽立足于“城”，以“解讀燦爛中華”為重點，服務(wù)京津冀協(xié)同發(fā)展，并合作引進境外優(yōu)秀展覽。

　　“大運河博物館有兩個臨展專用展廳可以組合為一個大型臨時展廳。同時部分專題展消除了與臨時展覽之間的界限，也將承擔臨時展覽的功能。”